ISAEE thực hiện các chức năng và nhiệm vụ theo Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ do Bộ Khoa học và Công nghệ cấp, bao gồm:

• Nghiên cứu khoa học, thực hiện các chương trình, đề tài, dự án trong lĩnh vực phát triển giáo dục, đào tạo nhân lực và quản lý kinh tế và phát triển doanh nghiệp.
• Tư vấn; Ứng dụng và chuyển giao công nghệ, tổ chức hội nghị, hội thảo khoa học, biên soạn tài liệu, tuyên truyền, phổ biến kiến thức và đào tạo bồi dưỡng nâng cao trình độ chuyên môn trong lĩnh vực khoa học kinh tế và giáo dục.
• Hợp tác với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước thực hiện nhiệm vụ của Viện.

Hiện nay, hoạt động của ISAEE tập trung vào các lĩnh vực chủ yếu sau::

• Khoa học và công nghệ: Triển khai các đề tài nghiên cứu và ứng dụng công nghệ mới vào quá trình sản xuất, lưu thông và phân phối sản phẩm nông nghiệp hữu cơ, nhằm nâng cao giá trị gia tăng của sản phẩm trong chuỗi cung ứng và đáp ứng yêu cầu phát triển bền vững.
• Giáo dục và đào tạo: Đẩy mạnh nghiên cứu và ứng dụng các phương pháp giáo dục gắn với thực tiễn, tập trung vào đào tạo và phát triển các kỹ năng xã hội, kỹ năng nghề nghiệp và năng lực ngoại ngữ cho người học.
• Hợp tác quốc tế: Tăng cường phối hợp với các tổ chức, đối tác trong và ngoài nước nhằm tiếp cận và triển khai các chương trình học bổng, đào tạo và cơ hội nghề nghiệp ở nước ngoài, qua đó mở rộng cơ hội học tập và phát triển nghề nghiệp cho học sinh, sinh viên Việt Nam.